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在蛋白質(zhì)領(lǐng)域的研究中，分類數(shù)據(jù)庫備受關(guān)注。其中，SCOP（Structural Classification of Proteins，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類系統(tǒng)）是一種非常有價(jià)值的分類數(shù)據(jù)庫，主要用于對(duì)已知蛋白質(zhì)進(jìn)行分類和命名。SCOP的誕生給研究者提供了一種歸納不同蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的方法，其準(zhǔn)確性和可靠性已經(jīng)得到了廣泛的認(rèn)可。本文將著重介紹SCOP的分類方法、特點(diǎn)以及在蛋白質(zhì)領(lǐng)域研究中的應(yīng)用。
一、SCOP分類方法
SCOP分類系統(tǒng)主要從結(jié)構(gòu)上對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行分類，這是與其它分類系統(tǒng)的主要區(qū)別。SCOP分類結(jié)構(gòu)涉及聚合基元、態(tài)形態(tài)等復(fù)雜的結(jié)構(gòu)分析技術(shù)，同時(shí)也需要進(jìn)行人工審核和整理。SCOP將蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)劃分為四個(gè)層次：超家族、家族、蛋白質(zhì)和Peptide，其中Peptide通常是一條蛋白質(zhì)鏈中的片段。超家族是更大的分類單位，包含很多家族和單獨(dú)蛋白質(zhì)，而家族和單獨(dú)蛋白質(zhì)是更小的分類單位。
在進(jìn)行結(jié)構(gòu)分類時(shí)，SCOP的目標(biāo)是要尋找結(jié)構(gòu)上的同源性，也就是說，尋找拓?fù)湎嗤慕Y(jié)構(gòu)元素。為了實(shí)現(xiàn)這個(gè)目標(biāo)，SCOP將同源性分為三個(gè)級(jí)別。之一級(jí)同源性包括由一組拓?fù)渫庑?、序列含量、成分保守性等共同決定的同源蛋白；第二級(jí)中的蛋白具有共同原始構(gòu)造的結(jié)構(gòu)元素；第三級(jí)蛋白的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)則是單獨(dú)的超微結(jié)構(gòu)、折疊模模式或者是局限于某些構(gòu)造特征。
二、SCOP特點(diǎn)
1. SCOP分類準(zhǔn)確性高
由于結(jié)構(gòu)上的同源性是蛋白質(zhì)分類的主要依據(jù)，而拓?fù)渫庑巍⑿蛄泻?、成分保守性等共同決定的同源蛋白在SCOP系統(tǒng)中被放到了之一級(jí)，因此SCOP系統(tǒng)對(duì)蛋白質(zhì)的分類具有很高的準(zhǔn)確性。此外，SCOP通過一系列的分類標(biāo)準(zhǔn)，例如蛋白質(zhì)的序列之間的同源性、蛋白質(zhì)的折疊模式等，使得分類更加徹底。
2. SCOP具有良好的細(xì)節(jié)分類能力
不同于其它分類系統(tǒng)的是，SCOP分類系統(tǒng)非常注重細(xì)節(jié)分類的能力，這在一定程度上可以提高數(shù)據(jù)的可靠性和實(shí)用性。例如，所有的非蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)都被限制在其它分類系統(tǒng)中，確保了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的精準(zhǔn)展示。
3. SCOP數(shù)據(jù)更新及時(shí)
SCOP系統(tǒng)自發(fā)布以來一直在不斷地更新?；谛碌男蛄泻蚇MR結(jié)構(gòu)的研究數(shù)據(jù)，SCOP數(shù)據(jù)庫能夠自動(dòng)地對(duì)分類結(jié)果進(jìn)行計(jì)算和更新。同時(shí)，SCOP的數(shù)據(jù)更新也非常及時(shí)，保證了其數(shù)據(jù)的可靠性。
三、SCOP在蛋白質(zhì)領(lǐng)域的研究應(yīng)用
SCOP作為一種可靠的分類系統(tǒng)，不僅在科技研究領(lǐng)域中具有非常重要的應(yīng)用價(jià)值，同時(shí)也廣泛應(yīng)用于生物信息學(xué)分析。其主要應(yīng)用分為以下幾個(gè)方面：
1. SCOP在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和構(gòu)建的應(yīng)用
SCOP能夠給出蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)以及其在分類系統(tǒng)中的結(jié)構(gòu)位置，這使得SCOP廣泛應(yīng)用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和構(gòu)建中。在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中，通過將現(xiàn)有的氨基酸序列與SCOP分類系統(tǒng)中的同源蛋白對(duì)比，可以預(yù)測(cè)出其所屬的結(jié)構(gòu)類型，也可以進(jìn)行蛋白質(zhì)的模擬及其結(jié)構(gòu)構(gòu)建。
2. SCOP在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析中的應(yīng)用
通過對(duì)SCOP數(shù)據(jù)庫中的分類系統(tǒng)以及其中蛋白質(zhì)的折疊模式的研究，能夠加深對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的理解。通過比較分類系統(tǒng)之間的數(shù)據(jù)，能夠找出不同折疊模型之間的關(guān)系，從而發(fā)現(xiàn)新的折疊模型，包括未分類和尚未知道的折疊模型等。
3. SCOP在蛋白質(zhì)工程中的應(yīng)用
SCOP作為一種可靠的分類系統(tǒng)在蛋白質(zhì)工程領(lǐng)域中也應(yīng)用廣泛。通過在SCOP分類系統(tǒng)中尋找特定結(jié)構(gòu)類型的蛋白質(zhì)，可以快速找到需要的目標(biāo)蛋白質(zhì)，并進(jìn)行研究和處理。
四、結(jié)論
作為一種高度可靠的蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫，SCOP在蛋白質(zhì)領(lǐng)域的研究領(lǐng)域應(yīng)用廣泛，其分類準(zhǔn)確性高，有良好的細(xì)節(jié)分類能力，數(shù)據(jù)更新也非常及時(shí)。在今后的蛋白質(zhì)領(lǐng)域研究中，SCOP的使用將會(huì)更加廣泛，能夠精準(zhǔn)的描述和解決蛋白質(zhì)研究中的問題。
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- Oracle里，scope=both或者scop=pfile這個(gè)選項(xiàng)是做什么用的？謝謝你。
Oracle里，scope=both或者scop=pfile這個(gè)選項(xiàng)是做什么用的？謝謝你。
應(yīng)該襲腔是scope=both和scope=spfile
Oracle 里面有個(gè)叫做spfile的東西，就是動(dòng)態(tài)參數(shù)文件，里面設(shè)置了Oracle 的各種參數(shù)。所謂的動(dòng)態(tài)，就是說你可以在不關(guān)閉數(shù)據(jù)庫的情況下，更改數(shù)據(jù)庫參數(shù)，記錄在spfile里面。更改參數(shù)的時(shí)候，有4種盯裂scope選項(xiàng)。scope就是范圍
++ scope=spfile 僅僅更改spfile里面的記載，不更改內(nèi)存，也就是不立即生效，而是等下次數(shù)據(jù)庫啟動(dòng)生效。有一些參數(shù)只允許用這種方法更改
++ scope=memory 僅僅更改內(nèi)存，不改spfile。也就是下次啟動(dòng)就失拍則衫效了
++ scope=both 內(nèi)存和spfile都更改
++ 不指定scope參數(shù)，等同于scope=both.
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