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PDB數(shù)據(jù)庫(kù)是指蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行（Protein Data Bank），它是一個(gè)全球重要的一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)建立于1971年，旨在存儲(chǔ)、管理和共享全球范圍內(nèi)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息。憑借著其卓越的數(shù)據(jù)質(zhì)量和嚴(yán)謹(jǐn)?shù)墓芾眢w系，該數(shù)據(jù)庫(kù)已成為眾多蛋白質(zhì)科學(xué)家和研究者不可或缺的資源。
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PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的起源
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的起源可以追溯到20世紀(jì)70年代，當(dāng)時(shí)用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究的技術(shù)正在快速發(fā)展。作為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和共享平臺(tái)，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)運(yùn)而生。然而，在過(guò)去的幾十年中，該數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)經(jīng)歷了多次變革和升級(jí)，以適應(yīng)新的技術(shù)和研究需求。如今，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)成為全球性的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究平臺(tái)。該數(shù)據(jù)庫(kù)中存儲(chǔ)了來(lái)自全球各地的高質(zhì)量蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，為蛋白質(zhì)科學(xué)家提供了一個(gè)非常有用的資源。
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)質(zhì)量
對(duì)于任何一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)說(shuō)，最重要的就是數(shù)據(jù)質(zhì)量。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)因其高質(zhì)量的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)而聞名。該數(shù)據(jù)庫(kù)通過(guò)采用嚴(yán)格的審核流程和完善的質(zhì)量控制體系，來(lái)確保在數(shù)據(jù)庫(kù)中存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)的質(zhì)量和準(zhǔn)確性。此外，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)還采用了與眾多國(guó)際合作伙伴一起開(kāi)發(fā)的高級(jí)技術(shù)，如晶體學(xué)、核磁共振等，來(lái)生成高精度的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的研究?jī)r(jià)值
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中存儲(chǔ)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)已經(jīng)成為蛋白質(zhì)科學(xué)中最重要的資源之一。這些數(shù)據(jù)可以被用于各種不同的實(shí)驗(yàn)和研究，如藥物設(shè)計(jì)、蛋白質(zhì)工程、疾病治療等。此外，這些數(shù)據(jù)還可以被用于教育、宣傳和推廣，并促進(jìn)更多人了解蛋白質(zhì)科學(xué)和相關(guān)領(lǐng)域的物理學(xué)和化學(xué)學(xué)科。
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的未來(lái)發(fā)展
隨著科學(xué)技術(shù)的不斷進(jìn)步和創(chuàng)新，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)也在不斷升級(jí)和完善。該數(shù)據(jù)庫(kù)未來(lái)將會(huì)朝著更加開(kāi)放和發(fā)展的方向前進(jìn)。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的開(kāi)放性意味著它將會(huì)增加更多的數(shù)據(jù)、模型和工具，以滿足更多需求。此外，該數(shù)據(jù)庫(kù)還將會(huì)推動(dòng)更多的可視化和交互式功能的開(kāi)發(fā)，以幫助研究人員更好地理解和使用其中存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)。
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)全球重要的一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)質(zhì)量、研究?jī)r(jià)值和發(fā)展?jié)摿κ蛊涑蔀榈鞍踪|(zhì)科學(xué)家們不可或缺的資源。因此，我們相信，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)在未來(lái)將會(huì)成為更加開(kāi)放和完善的平臺(tái)，為世界各國(guó)的蛋白質(zhì)科學(xué)家繼續(xù)提供有價(jià)值的資源。
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PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白質(zhì)、核酸和糖)2.5維（以二維的形式表示三維的數(shù)據(jù)）結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫(kù),是通過(guò)X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實(shí)驗(yàn)手段確定的蛋白質(zhì)、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。隨著晶體衍射技術(shù)的不斷改進(jìn),結(jié)構(gòu)測(cè)定的速度和精度也逐步提高。90年代以來(lái),隨著多維核磁共振溶液構(gòu)象測(cè)定方法的成熟,使那些難以結(jié)晶的蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)測(cè)定成為可能。蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)量迅速上升。據(jù)2023年5月統(tǒng)計(jì)，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)存放了1萬(wàn)2千多套原子坐標(biāo),其中大部分為蛋白質(zhì)，包括多肽和病毒。此外,還有核酸、蛋白和核酸復(fù)合物以及少量多糖分子瞎虛。核酸三維結(jié)構(gòu)測(cè)定進(jìn)展迅速。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)收集了800多套核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)允許用戶用各種方式以及布爾邏輯組合(AND、OR和NOT)進(jìn)行檢索，可檢索的字段包括功能類別、PDB代碼、名稱、作者、空間群、分辨率、來(lái)源、入庫(kù)時(shí)間、磨則燃分子式、參考文獻(xiàn)、生物來(lái)源等項(xiàng)。用戶不僅可以得到生物大分子的各種注釋、坐標(biāo)、三維圖形、VAML等,并能從一系列指盯衡針連接到與PDB有關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等?？赏ㄟ^(guò)FTP下載PDB數(shù)據(jù)。所有的PDB文件均有壓縮和非壓縮版以適應(yīng)用戶傳輸需要。PDB的電子公告版BBS和電子郵件興趣小組(Mailing List)為用戶提供了交流經(jīng)驗(yàn)和發(fā)布新聞的空間。在PDB的服務(wù)器上還提供與結(jié)構(gòu)生物學(xué)相關(guān)的多種免費(fèi)軟件如Raol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。
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